La ciudad encuentra ubicada en la bahía del Canal Puyuhuapi, junto a la desembocadura del río Cisnes y frente al Parque Nacional Isla Magdalena, en un paisaje de ensueño que conjuga el mar junto a un pequeño poblado de pescadores. Para acceder a ella, hay que tomar el camino que nos desvía 32 kilómetros de la ruta principal, en este caso La Carretera Austral, su ubicación ha determinado que Puerto Cisnes sea el centro de una amplia zona litoral, teniendo un íntimo contacto por vía marítima con otras comunas insulares de Puerto Gala y Gaviota, se encuentra rodeado de un entorno natural inigualable, este poblado de pescadores es perfecto para quienes buscan contacto con la naturaleza.

 Imperdibles son los senderos “San Luis” y “Dos Lagunas”, este último finaliza a 300 metros sobre el nivel del mar con un mirador que permite contemplar la ciudad y las dos lagunas que le dan nombre.